Likt med humane vaksinasjoner, kommer valpevaksinasjoner med risikoer og bivirkninger. Prosentandelen valper som opplever adverse reaksjoner som følge av vaksinasjon er lav, og fordelene med valpevaksiner overveier klart negative sider. Likevel, som dyrer er det godt å vite hvilke bivirkninger som kan oppstå før du lar valpen din vaksinere.
Ubehag og svullnad
Smerte ved injeksjonsstedet, irritasjon, svullnad og rødme er vanlig, selv om disse bivirkningene typisk ikke varer lenger enn en uke. Hvis disse symptomene oppstår, kan de vare fra så lite som 30 minutter til en uke etter vaksinasjon. Ved svullnad og ubehag som varer lenger enn en uke, eller hvis det virker å forverres progressivt, bør valpen tas til veterinæren. Noen ganger kan abscesser dannes som følge av valpens kropp reagerer på vaksinen; de er generelt ikke resultatet av infeksjon.
Anafilaksi
En av de mer alvorlige bivirkningene av valpevaksiner er anafylaksi. Dette er en alvorlig allergisk reaksjon på vaksinasjonen, og hvis tegn på anafylaksi er til stede, bør valpen umiddelbart tas til veterinæren; sjokk, hjertevikt og død kan følge uten rask behandling. Anafylaksi blir typisk synlig minutter til mindre enn 24 timer etter vaksinasjon, og forekommer hos ca. 1 av 15 000 vaksinerte valper. Tegn: oppkast, diaré, anfall, bleke tanner, svak puls, ansiktssvullnad, rask hjerterytme, kalde ekstremiteter. Epinefrin gitt innen få minutter etter anafylaksi debut kan redde valpens liv; eiere som gir valper seg selv vaksiner bør ha epinefrin tilgjengelig og vite hvordan bruke det.
Den mest vanlige bivirkningen av vaksinasjoner hos valper er nevrologisk skade og sykdom, inkludert hjernespindel og øye («blått øye»).
Feber
Feber, nedsatt appetitt og nedsatt aktivitet forekommer typisk en til to dager etter vaksinasjon, og krever vanligvis ikke behandling.
Hoste
Valper som mottar intranasale eller parainfluensa vaksinasjoner kan utvikle hoste. Mens dette typisk ikke krever behandling, kan det spre viruset til andre dyr rundt dem.
Lamhet
Lamhet er en sjelden bivirkning av valpevaksinasjoner. Akita er utsatt for dette og kan utvikle immunrelatert artritt i leddene. Noen store raser kan utvikle hypertrofisk osteodystrofi (bensykdom) etter å ha mottatt hundepestvaksinasjon når de er mellom 2 og 7 måneder gamle.
Infeksjon
Valper som mottar modifiserte levende vaksiner når de er mindre enn 4 til 5 uker gamle er mer utsatt for å utvikle infeksjoner.