Boston Terriere er utsatt for flere helseproblemer:
- Øyeproblemer: Kattarakt, glaukom og tørt øye.
- Hudproblemer: Allergi, dermatitt og pyoderma.
- Respirasjonsproblemer: Brachycephale luftveissyndrom, larynxparalyse og trakeakollaps.
- Anfall, hydrocephalus og cerebellumdegenerasjon.
Regelmessig veterinærpleie er viktig for å håndtere disse tilstandene.