En flaggermus' anatomi inkluderer snute, neseborer, hake, filtrum, lepper, tenner, tunge, og ulike munnstrukturer som ganen og uvula. Den nedre kallen er mandibelen.
Flaggermus har store ører med pinnær, tragus og antitragus. Deres vinger dannes av patagium og inkluderer underarm, overarm, radius, ulna, håndledd, metakarpaler, falanger, og fingre. Ben og føtter inkluderer hælben, ankel, metatarsaler, og tåben. Noen flaggermus har også en hale bestående av vertebrer.