Boston Terriers er kjent for sin distinkte brindle-pels, et mønster av mørke striper på en lysere bakgrunn, som vanligvis involverer svart, hvit, og brun.
De kan også være seal (dyp mørkbrun), hvit, eller parti-farge (pletter av to eller flere farger). Ifølge American Kennel Club-standarden, er enhver farge eller kombinasjon akseptabel.