Farger
Den mest vanlige fargekombinasjonen hos border collies er svart og hvit. Brunt fra beige til mørk rød i kombinasjon med en hvit-og-svart pels er også vanlig. Brun-og-hvite border collies gir rassen et distinct utseende fordi brunt noen ganger er en rødaktig oransje nyanse. Brun-og-hvite border collies er mindre vanlige og forveksles iblandt med krysningsraser. Likevel kan denne brune fargen, som kalles sable hos border collies, kombinert med hvit, fortsatt signalere en ren border collie.
Blått og rødt merle
Blått og rødt merle pels er en kombinasjon av hvit og en annen farge pels som er tett blandet sammen i stedet for i store, separate flekker. Border collies med blått eller rødt merle forveksles ofte med australiske shepherds, men hold i tankene at border collies har haler og de fleste australiske shepherds ikke har det. En annen måte å skille de to rasene på er å analysere kroppsformer: australiske shepherds har bredere hode og mer kompakt bygging.
Ører
Border collie-ører er enten rekte, semi-rekte eller helt tippet fremover. Semi-rekte ører står høyt med spissene litt foldet fremover. Ører som er helt tippet fremover kalles "tagg-ører". Border collie-ører sitter langt fra hverandre på toppen av hodet. Bruskbenet er mykt, noe som gjør at ørene kan bevege seg lett eller flakke rundt når hunden løper.
Øyne
Border collie-øyene varierer fra mørkbrun til lysbrun til blått. En border collie med mørk pels vil sannsynligvis ha mørkere brune øyne enn en border collie med sable pels. Et lysbrunt øye anses som ravenfarget, som er vanlig for hunder med rødlige peler. I sjelne tilfeller har border collies blå, grønne eller grå øyne, og i enda mer eksepsjonelle tilfeller, kan hvert øye være en annen farge.