Boston terrier er en av de mest populære hunderasene i Amerika på grunn av sin lille størrelse, lettstellede korte pels og vennlige temperament. Men de er også utsatt for åndedretts- og nevrologiske problemer på grunn av sin brakkefale (flatt) nese. Folk avler fortsatt bevisst for denne flate nasen og det kuppede hodet, på tross av helseproblemer, fordi det gjør hundene søte.
Hydrocefalus
Ofte kalt «vann på hjernen», forårsaker hydrocefalus at toppen av en boston terriers kranie buler utover. Dette skjer hos valper før de er tre måneder gamle. Kraniene deres har ikke herdet enda, så de kan buler utover. Den overdrevne kuppede kranien kan forårsake at en del av hjernen, rostrale colliculi, presser sammen. Rostrale colliculi hjelper til å føre hjernervæsken bort fra hjernen. Når denne banen lukkes, bygger væskepresset seg opp. Valpen får stort hode, anfall og vanskeligheter med å se. Hydrocefalus kan potensielt drepe valpen med mindre valpen får medisin og, hvis nødvendig, kirurgi.
Cerebellær hypoplasi
Denne genetiske nevrologiske tilstanden forårsakes av en unormalt formet hjerne hos boston terrier. Bakre del som vender mot halen vokser ikke normalt for å fylle kraniet. Valper viser symptomer før de er 6 uker gamle eller til og med når de prøver å gå rundt 2 til 3 uker gammel. Valpene vil ikke klare å gå, vil falle over når de prøver å gå, eller nikke konstant med hodet. Valper kan også ha ukontrollerlige risting av hode og lemmer. Hunder med denne tilstanden har klart å overleve, men de bør aldri avles, og de trenger spesielt omsorg hele livet sine. De som ikke kan spise, blir søvløst.
Kanine epilepsi
Boston terrier kan få epilepsi, en anfallslidelse lik menneskelig epilepsi. Årsaken til kanin epilepsi er ukjent med mindre hunden nylig har hatt en hodeskade. Hunder begynner å ha anfall fra 6 måneder til 5 år gammel, ifølge The Veterinarians' Guide to Your Dog's Symptoms. Kanin epilepsi kan behandles med medisiner som fenobarbital, men er som regel uhelbredelig. Det finnes en teori om at kanin epilepsi kan være genetisk, så enhver boston terrier med epilepsi bør aldri avles.