Å definere arter basert på interparing er utfordrende når det anvendes på encellulære organismer av flere grunner.
Aseksuell reproduksjon
Mange encellulære organismer reproduserer aseksuelt, og genererer avkom som er genetisk identiske til forelderen. I disse tilfellene er interparing og utveksling av genetisk materiale mellom individer irrelevant.
Manglende klare grenser
Encellulære populasjoner utveksler ofte genetisk materiale gjennom mekanismer som konjugasjon, transformasjon eller transduksjon. Disse prosessene kan skje mellom genetisk ulike individer, noe som gjør det vanskelig å trekke distinkte artsgrenser basert kun på interparing.
Horisontal genoverføring
Horisontal genoverføring er vanlig blant encellulære organismer, og tillater gener å bevege seg mellom fjernbeslektede arter. Dette kan introdusere nye trekk og genetisk mangfold, og videre komplisere artsdefinisjoner som bygger på interparing.
Rask evolusjon
Korte generasjonstider og høye mutasjonsrater fører til rask evolusjon i mange encellulære populasjoner. Over tid kan genetisk distanse individer bli utdannede til å ikke kunne interparere, noe som videre forvirrer artsgrenser.
Fordi artbegrepet i utgangspunktet er et menneskelig konstruksjon, bruker forskere som studerer encellulært liv typisk en kombinasjon av genetiske, fenotypiske og økologiske data snarere enn interparing alene for å avgrense artsgrenser.