Asexual reproduksjon:Mange encellede organismer reproduserer aseksuelt, noe som betyr at de produserer avkom genetisk identiske med seg selv. I slike tilfeller blir begrepet avavling og utveksling av genetisk materiale mellom forskjellige individer irrelevant.
Mangel på klare grenser:Encellede organismer eksisterer ofte som populasjoner, der individer kan utveksle genetisk materiale gjennom forskjellige mekanismer som konjugering, transformasjon eller transduksjon. Disse prosessene kan oppstå mellom genetisk forskjellige individer, noe som gjør det vanskelig å avgrense distinkte artsgrenser utelukkende basert på avavl.
Horisontal genoverføring:horisontalt genoverføring er et vanlig fenomen blant encellede organismer, der gener kan overføres mellom fjernt beslektede arter. Dette kan resultere i anskaffelse av nye egenskaper og genetisk mangfold, noe som ytterligere kompliserer definisjonen av arter basert på avavling.
Rask evolusjon:Encellede organismer har ofte korte generasjonstider og høye mutasjonsrater, noe som fører til rask evolusjon. Dette betyr at populasjoner raskt kan avvike genetisk, noe som gjør avavl mellom fjernt beslektede individer mindre sannsynlig over tid.
Videre er arterbegrepet en menneskelig konstruksjon som brukes til å kategorisere og forstå mangfoldet i livet. Selv om avavling er et nyttig kriterium for å definere arter i mange tilfeller, kan dens anvendelse på encellede organismer være problematisk på grunn av deres unike egenskaper og reproduksjonsstrategier. I stedet er forskere ofte avhengige av en kombinasjon av genetiske, fenotypiske og økologiske data for å avgrense artsgrensene blant encellede organismer.