Fiskesjøørn oppholder seg ikke i reet i hele rukkeperioden. Fiskesjøørns rukkeperiode varer ca. 5 uker. I denne tiden legger hunna eggene i reet og begynner å rukke dem. Hannen vil også bidra til å forsvare reet og hente mat til hunna, men ingen av fiskesjøørnene vil bli i reet i hele rukkeperioden.