Alkekonge er små sjøfugler som primært ernærer seg av zooplankton, små fisk og andre invertebrater. Deres kost varierer avhengig av årstid og beliggenhet.
I hekkesesongen spiser alkekonge hovedsakelig zooplankton, inkludert copepoder, amphipoder og krill. De spiser også noen små fisk, som tobis, og andre invertebrater, som blækspruter og reker.
Om vinteren, når zooplankton er mindre riklig, bytter alkekonge til en kost som består mestepart av små fisk, som lodde, tobis og sild. De spiser også noen invertebrater, som blækspruter og reker.
Alkekonge er opportunistiske spidere og vil utnytte enhver tilgjengelig fødekilde. De har vært kjent for å spise insekter, bær og til og med små pattedyr.