I løpet av hekkesesongen lever små auks hovedsakelig på dyreplankton, inkludert copepoder, amfipoder og krill. De spiser også noen små fisk, for eksempel sandlanse og andre virvelløse dyr, for eksempel blekksprut og reker.
Om vinteren, når dyreplanktonet er mindre rikelig, bytter små auks til et kosthold som mest består av liten fisk, som capelin, sandlans og sild. De spiser også noen virvelløse dyr, for eksempel blekksprut og reker.
Små auks er opportunistiske matere og vil dra nytte av enhver tilgjengelig matkilde. De har vært kjent for å spise insekter, bær og til og med små pattedyr.