Habitattap og fragmentering: Den primære årsaken til svartfott-fretts nedgang var tap og fragmentering av dets livsmiljø. Disse frettene bygger på præriehund-kolonier for skjul, mat og reproduksjon. Likevel førte den utbredte utryddelsen av præriehunder pga. menneskelig forfølgelse, sykdom og habitattsomforming for jordbruk og urbanisering til tap av livsviktig livsmiljø for svartfott-fretter.
Sykdommer: En annen kritisk faktor som bidro til truelsen av svartfott-fretter var sykdomsoverføring fra tamfretter og andre rovdyre. Hunde-pest, canine hepatitt og rabies er blant sykdommene som viste seg dødelige for svartfott-fretter, og reduserte ytterligere deres allerede krympende bestander.
Liten bestandstørrelse og genetisk mangfold: Svartfott-fretter har naturlig liten bestandstørrelse, noe som gjør dem mer sårbare for effektene av habitattap og sykdom. I tillegg økte deres begrensede genetiske mangfold risikoen for inavling og reduserte artens evne til å tilpasse seg endrede miljøforhold.
Rovdrift: Med redusert livsmiljø og nedgående bestandstall, ble svartfott-fretter mer sårbare for rovdrift fra større rovdyre som kojot og grævling. Dette la til ytterligere nedgang i deres bestander.
På grunn av disse kombinerte faktorene, falt svartfott-frett-bestanden til punktet av nær utrydding i vill mark ved midten av 20. århundre. Verneinnsats, inkludert oppdrettsprogrammer i fangenskap og gjeninnføringer, har hjulpet til å bringe arten tilbake fra kanten, men de forblir kritisk truede og står overfor løpende utfordringer for sin overlevelse.