Habitatstap
Avskoging for hogst, jordbruk og gruvedrift, samt veibygging, fragmenterer og ødelegger jaguarhabitat.
Menneskekonflikt
Rovdyrtap av husdyr fører til hevn-dreping, og ulovlig jakt for pels og kroppsdeler fortsetter.
Andre trusler
Klimaendringer, sykdom og forurensning truier videre jaguarer. Som nøkkelart ville deres tap forstyrre regnskogsøkosystemer. Bevaring innebærer vernområder, lokalsamfunnsengasjement og anti-jakt-tiltak.