Nøyaktige tall er vanskelig å bestemme fordi jakt- og handelskstatistikk ofte er ufullstendige, og jaguarer bebor store, fjernområder.
Jaguarer er klassifisert som Near Threatened av IUCN, og jakt er en ledende dødsårsak i noen regioner. Estimat antyder at hundrevis eller til og med tusenvis kan drepes årlig. For eksempel estimerte en 2013-studie i den brasilianske Amazon ca. 2.000 jaguarer drept hvert år på grunn av jakt og menneskekonflikt.
Etterspørsel etter pelss, tenner, og andre kroppsdelar – spesielt i asiatiske markeder for tradisjonell medisin og smykker – driver ulovlig handel. Bevaringsorganisasjoner og regjeringer jobber for å bekjempe jakten, men habitatstørrelse og høye priser gjør kontroll vanskelig.