Jaguarer sitter på toppen av næringsskjemaen og mangler naturlige rovdyere. Likevel har menneskelige aktiviteter alvorlig påvirket deres bestander. De viktigste truslene inkluderer:
- Mennesker: Livsmiljøødeleggelse fra skogaverking, jordbruk og utvikling, samt ulovlig jakt for pels, tenner og klover.
- Livsmiljøtap: Fragmentering reduserer tilgjengelighet av byttedyr og gjør jaguarer mer sårbare for javnere.
- Ulovlig handel: Jaguarer jages og selges for kroppsdelar på svartemarkedet.
- Menneske-villdyr-konflikt: Når livsmiljøet krymper, kommer jaguarer i kontakt med mennesker, noe som noen ganger resulterer i skade eller død for både mennesker og jaguarer.