1. Høytemperaturforbrenning :Denne metoden innebærer å brenne de infiserte materialene, inkludert kadaver av berørte dyr og alt forurenset utstyr, ved ekstremt høye temperaturer. Den høye varmen ødelegger BSE-agenset og hindrer overføringen av det.
2. Kjemisk desinfeksjon :Visse kjemikalier, som natriumhydroksid (lut) og hydrogenperoksid, er effektive til å ødelegge BSE-agenset. Disse kjemikaliene påføres de infiserte materialene, og forårsaker denaturering av proteiner og inaktivering av de smittsomme prionene.
3. Dampsterilisering :Damp under høyt trykk og temperatur kan også ødelegge BSE-agenset. Denne metoden brukes ofte til sterilisering av medisinske instrumenter og utstyr, og kan også brukes på materialer kontaminert med BSE.