Gauper står overfor flere trusler:
- Habitattap: Rydding av store, sammenhengende skoger reduserer gaupebestander.
- Jakt og felling: Gauper jaktet og felles for pels og kjøtt.
- Klimaendringer: Oppvarmende klima endrer gaupehabitat og tvinger til vanskelig tilpasning.
- Sykdom: Veslehundesjuke, distemper og tularæmi kan spredes raskt og forårsake betydelig dødelighet.
- Konkuranse: Kojotter og ulver kan drepe gauper eller konkurrere om mat.