1. Tap av foreldreegenskaper: Hybridisering resulterer ofte i tap av spesifikke egenskaper fra foreldreplantene. Siden avkommen er hybider, kan de ikke vise alle de ønskelige egenskapene til noen av foreldrene.
2. Upåforutsigbare resultater: Resultatet av hybridisering kan være usikkert, da det er vanskelig å forutsi den nøyaktige kombinasjonen av egenskaper som vil arves av avkommen.
3. Potensiell inavlsdepresjon: Kontinuerlig hybridisering innenfor nært beslektede individer kan føre til inavlsdepresjon, som er en reduksjon i vigor, fruktbarhet og andre ønskelige egenskaper.
4. Redusert genetisk mangfold: Hybridisering kan forsmale det genetiske mangfoldet innenfor en populasjon, og gjøre den mer sårbar for miljøendringer og sykdomsutbrudd.
5. Økt sykdomsmottagelighet: Hybridisering kan innføre nye genetiske sårbarheter som kan gjøre avkommen mer mottagelig for sykdommer og skadedyr.
6. Miljøavhengighet: Hybrider viser ofte spesifikke miljøpreferanser og kan ikke preste godt under varierende forhold.
7. Vanskeligheter med å opprettholde uniformitet: Hybrider kan vise variabilitet blant seg selv, og føre utfordringer i å opprettholde uniformitet innenfor en populasjon.
8. Begrenset frøproduksjon: Noen hybridplanter kan ha redusert frøproduksjon sammenlignet med foreldreplantene sine.
9. Bekymringer om frøeierskap og immaterielle rettigheter: Hybridisering kan føre til spørsmål knyttet til frøeierskap og immaterielle rettigheter.
10. Overavhengighet av hybrider: Overdreven avhengighet av hybridvarieteter kan undervurtere tradisjonelle jordbruksmetoder, lokale frøvarieteter og kunnskapen forbundet med dem.