Det finnes ikke et separat vitenskapelig navn for en shetlandponny. De er klassifisert som Equus caballus, det samme vitenskapelige navnet som alle andre tamhester.
Begrepet «shetlandponny» er et rasenavn, ikke et artsnavn. Det er som å si «Golden Retriever» – det er en rase innenfor arten Canis familiaris (hund).