Det finnes ikke ett enkelt gen ansvarlig for alle hestepelsfargeendringer. Pelsfarge resultatet av en kompleks interaksjon av flere gener.
Nøkkelgener inkluderer Extension (svart eller rødt pigment), Agouti (pigmentfordeling), Cream (utføring), Dun (primitive merker), Champagne (utføring og øyefarge), og Gray (progressiv gråfarging). Mönstergener som Leopard Complex og Sabino skaper pletter og rødfarging.
Å forstå en hests pelsfarge krever kunnskap om den spesifikke alel-kombinasjonen for hvert gen. Denne kompleksiteten gjør hestepelsgenetikk til et fascinerende studiefelt.