Nokota-hester kan vise en rekke pelsfarger:
- Svart: Den mest vanlige pelsfargen for Nokota-hester.
- Brun: En sjelden, men naturlig forekommende pelsfarge.
- Grullo: En dun-gen variasjon som gir en musgrå nyanse med brune bein og en rygglinje.
- Dun: En gulaktig pels med primitive merker som en rygglinje.
- Brunbrun (Bay): En rødbrun pels; Nokota brunbrune kalles ofte «claybanks».
- Rød dun/sorrel: En dun-gen variasjon som resulterer i en rødbrun nyanse.
- Roan: En blanding av fargede og hvite hår, som gir en grå eller rødliten utseende med antydninger av basisfargen.
- Røykesvart (Smokey black): En mørkere dun-variasjon som gir mørk brun eller svart med lettere, røkete spisser på manen, halen, beinene og magen.