Flaggermus bebor en forbløffende mengde miljøer over hele kloden. Deres habitats strekker fra frodige, fukte regnskoger til tørre ørkener og tempererte skoger. Mange arter roister i huler og underjordiske kammere, mens andre tilpasser seg bymiljøer, nester i hulrom i bygninger og bruer.
Unntatt extreme polarregioner, finnes flaggermus på alle kontinenter. Deres evne til ekkolokasjon tillater dem å navigere i ulike habitats, finne rikelig mat og vellykket oppdra sine unge.