Mojave-ørkenen bevarer mangfoldig plante- og dyreliv, men mange arter er truet av utryddelse på grunn av livraumtap, klimaendringer og andre press. Noen av de mest truerte artene inkluderer:
- Ørken-skilpadde: Truet av livraumtap, klimaendringer og ulovlig samling.
- Mohave-markmus: En liten gnager truet av livraumtap, klimaendringer og fremmede rovdyre.
- Gila-øgle: En giftig øgle truet av livraumtap, klimaendringer og ulovlig samling.
- Båndet Gila-øgle: Står overfor lignende trusler fra livraumsdegradering og ulovlig handel.
- Flatthalet hornøgle: Truet av livraumtap, klimaendringer og predasjon av fremmede arter.
- Mojave-fringetået øgle: En liten øgle truet av livraumtap, klimaendringer og invasive rovdyre.
- Panamint-alligatorøgle: Truet av livraumtap, klimaendringer og fremmed predasjon.
- Vestlig jordsvale: Truet av livraumtap, klimaendringer og predasjon av fremmede arter.
- Phainopepla: En sangfugl truet av livraumtap, klimaendringer og konkurranse med fremmede arter.
Vernearbeid er i gang, men ytterligere handling er nødvendig for å sikre at disse artene overlever.