Grå habitater, også kalt "marginale habitater", er miljøer i stand til å støtte liv men som tilbyr et minimalt antall ressurser og næringsstoffer. Det er i disse habitatene at ekstremofiler, mikroorganismer tilpasset ekstreme forhold, bor.
På grunn av mangel på ressurser, anses grå habitater som overgangssteder, der mikroorganismer midlertidig oppholder seg mens de tilpasser seg mer gunstige miljøer, eller permanent, hvis de besitter tilpasninger eller symbiose som lar dem overleve i det ressursbegrensede miljøet. For eksempel:
- Noen grå habitater er kun tilgjengelige i korte perioder, og blir ugunnstige resten av året. Dette gjelder dammer eller småvann som tørker ut om sommeren.
- Andre habitater gir nok næringsstoffer for at organismer kan overleve permanent, men med så store restriksjoner at populasjonene er ekstremt små. Sure damper, eller svært salt laguner, er habitater der få organismer kan trives, men de som kan, er så vel tilpasset at de ikke trenger å flytte til et mer gunstig miljø.