Mens wombater generelt ikke anses å være en trussel mot villmarken, finnes det visse omstendigheter hvor de kan ha en negativ innvirkning. Overpopulasjon av wombater i visse områder, spesielt vanlige wombater, kan påvirke heimisk vegetasjon, og føre til konkurranse om ressurser med andre arter.
En av de hovedbekymringene er muligheten for at wombater overfører sykdommer til andre dyr. Wombater er kjent for å bære en rekke parasitter og sykdommer, av hvilke noen kan være skadelige for andre arter. For eksempel kan wombat sarkoptisk skabb, forårsaket av en parasitisk midd, forårsake alvorlige hudinfeksjoner og til og med dødsfall i andre heimiske dyr, som tasmaniske djævler og kvollarter.
Wombater kan også forårsake skade på infrastruktur og menneskebygde strukturer. Deres graveatferd kan føre til erosjon, skade på veier, og til og med innstorting av bygninger og andre strukturer. Dette er et særskilt problem i områder med løs eller sandholdig jord.
I tillegg er wombater kjent for å spise heimiske planter, og i noen tilfeller kan dette påvirke den lokale floraen. Wombater har en spesiel preferanse for visse plantearter, og deres beitevaner kan føre til endringer i vegetasjonsammensetningen, potensielt påvirker andre villmark som avhenger av disse plante-ressursene.
For å adressere disse bekymringene, implementeres villmarksforvaltningsstrategier i områder der wombatpopulasjoner er høye eller presenterer en betydelig innvirkning på villmark og menneskelige aktiviteter. Disse strategiene kan involvere bestandsregulerings tiltak, som regulert avlivning eller transloaksjon av wombater til andre områder, samt habitatforvaltning for å minimere konflikter mellom wombater og annen villmark.