Flaggermus har en høy metabolsk hastighet og krever mye oksygen for å drive flyturen. De puster raskere enn andre pattedyr, og lungene er større i forhold til kroppsstørrelsen. Flaggermus har også en spesiell tilpasning kalt "neseventilen", som hjelper dem å regulere luftstrømmen deres under flyturen.
Når en flaggermus inhalerer, kommer luft inn gjennom neseborene og passerer gjennom neseventilen. Nasalventilen hjelper til med å kontrollere mengden luft som kommer inn i lungene, og det forhindrer også at luft strømmer tilbake ut av nesen under flyging.
Luften reiser deretter nedover luftrøret og inn i lungene. Lungene er foret med alveoler, som er bittesmå luftsekker der gassutveksling foregår. Oksygen fra luften diffunderer inn i blodomløpet, og karbondioksid diffunderer ut av blodomløpet i luften.
Luften går deretter ut av lungene og passerer gjennom luftrøret og ut av neseborene.
Flaggermus er i stand til å puste mens de flyr takket være deres kraftige lunger og effektive luftveisystem. De er i stand til å opprettholde en høy hastighet av oksygenforbruk selv under lange og anstrengende flyvninger.