Habitattap
Den primære trusselen er ødeleggelse og fragmentering av regnskogshabitat for hogst, jordbruk og utvikling.
Jakt
Jaguarer jaktet for pels, kjøtt og tenner, og kan drepes i konflikter med bønder over husdyr.
Klimaendringer
Stigende temperaturer gjør tropiske habitater mindre egnet for jaguarer.
Sykdom
Jaguarer kan smittes av sykdommer fra tamme dyr som hunder og katter, som kan være dødelige.