Det er unøyaktig å si at nesten alle marsvin bærer sykdommer. Som med ethvert dyr varierer individuell helse. Ansvarlig pleie, inkludert hygiene, ernæring og vet-kontroller, reduserer sykdomsrisiko.
Vanlige problemer inkluderer ringorm, urinveisinfeksjoner, skjørbuk og tannproblemer. Ikke alle marsvin utvikler disse, men tidlig oppdagelse er nøkkelen.