Jakt og fangst: Pygmy-svin blir jaktet på kjøttet og huden deres. De blir også fanget for kjæledyrhandel, da de regnes som eksotiske dyr. Jakt og fangst bidrar ytterligere til nedgangen i befolkningen.
Konkurranse med husdyr: I områder der pygmésvin lever i umiddelbar nærhet til mennesker og deres husdyr, møter de konkurranse om mat og ressurser. Husdyr kan også bære på sykdommer som kan være dødelige for pygmésvin.
Innavl og genetisk mangfold: På grunn av sin lille bestandsstørrelse og fragmentering, er pygmésvin i fare for innavl. Innavl kan føre til helseproblemer og redusert genetisk mangfold, noe som gjør befolkningen mer utsatt for sykdom og miljøendringer.
Bevaringsarbeid: Naturvernorganisasjoner og offentlige etater jobber for å beskytte pygmésvinet og dets habitat. Dette inkluderer å etablere beskyttede områder, iverksette tiltak mot krypskyting og bevisstgjøring om viktigheten av å bevare denne unike arten.