Imidlertid er gnagere ikke en stift del av kostholdet . Jaguarer vil vanligvis bare spise gnagere når større byttedyr er lite eller utilgjengelig. Noen av de spesifikke gnagerartene en jaguar kan konsumere inkluderer:
* agoutis
* Paca
* rotter
* ekorn
* Capybaras (Selv om dette faktisk er den største gnagerarten og kan betraktes som større byttedyr)
Det er viktig å merke seg at den spesifikke gnagerarten en jaguar spiser vil avhenge av beliggenheten og tilgjengeligheten av byttedyr i dets habitat.