Husholdfluer har mange naturlige fiender:
Edderkopper fanger dem i nett. Fugler som svaler og blåstruper fanger dem i luften. Øgler som gecko og kameleon fanger dem på vegger. Frosker og padder bruker klistrete tunger for å fange fluer. Bønnmann ambusherer dem. Venus fluefelle fanger dem med spesialiserte blader. Fluefeller bruker klistrepapir eller lockstoffer. Pestisider kan drepe dem men må brukes forsiktig for å unngå å skade andre dyr og mennesker.