Rafflesia er truet av flere grunner:
- Habitattap: Skogskaring for tømmer, jordbruk og utvikling ødelegger dets regnskogs-habitat.
- Ulovlig sampling og handel: De unike blomstene blir tyvstartet for suvernirer og handel.
- Reduserte pollinatører: Nedgang i fluepopulasjoner hindrer pollinering og reproduksjon.
- Klimaendringer: Endret vær påvirker vertplanter og plantens livssyklus.