Saltvannskrokodiller er toppredatorer i sitt økosystem, noe som betyr at de har svært få naturlige fiender. Likevel finnes det noen unntak:
- Større krokodiller: Større saltvannskrokodiller rovdykker av og til mindre individer, spesielt ungdyr. Dette er kannibalisme.
- Store slanger: Meget store slanger, som retikulerte pytoner, har vært kjent for å drepe og spise unge saltvannskrokodiller.
- Andre toppredatorer: I sjelne tilfeller kan haier, spesielt store tyrehai, rovdykke unge krokodiller i estuarine miljøer.
Det er viktig å merke seg at disse forekomstene er uvanlige. De aller fleste saltvannskrokodiller dør av naturlige årsaker som sykdom eller alder. Det er også muligheten for menneskelig innblanding, som regulert jakt.