Ordet «ekorn» har sine røtter i det gammelfranske ordet «esquirel». Dette kom i sin tur fra det latinske ordet «sciurus», som betød «skygge hale» eller «skyggehalet».
Dette navnet ble sannsynligvis gitt på grunn av ekornes vane å holde sine buskete haler høyt og svinge dem rundt mens de beveger seg, noe som gjør at de virker å ha en skygge som følger dem. Ordet har utviklet seg gjennom ulike språk over århundrene, og endte opp som «ekorn» i norsk (eller «squirrel» på engelsk).