Knysna-sjøhesten er truet på grunn av:
- Overfiske: fanget som bifangst uten arts-spesifikke reguleringer.
- Habitatforringelse: kystutbygging, forurensning og mangrove-endringer ødelegger parringsgrunn.
- Lav reproduksjon: hanner bærer egg, og forstyrrelser under denne fasen reduserer suksess.
- Akvariumhandel: ubærekraftig sampling utarmer ville bestander.
- Klimaendringer: oppvarmede hav og forsuring påvirker habitater og bytte.
- Begrenset utbredelse: lite utbredelsesområde langs Sør-Afrikas sørkyst øker sårbarhet.