Havnåløyne har flere naturlige fiender i økosystemene de befinner seg i. Rovfisk som spiser dem inkluderer innsjøørret, sik, nordisk gedde, muskellunge, og gjedde.
Fugler rovlyter også havnåløyne. Måker, terner, og skarver er kjent for å fange og spise dem, spesielt i grunne farvann eller under gytingvandringer.
I tillegg til rovdyre, påvirkes havnåløyne av ulike parasitter og sykdommer som kan påvirke deres helse og overlevelsesrater.