Haier har relativt små hjerner, som utgjør kun ca. 0,5 % av kroppsvekten sammenlignet med ca. 2 % hos mennesker. Tross størrelsen er haihjernen kompleks og delt i regioner:
Forhjerne: Behandler sanselig informasjon, læring og minne.
Midhjerne: Styrer bevegelse og balanse.
Etterhjerne: Styrer pusting, hjerterytme og fordøyelse.
Haier har også en koroide pleks som leverer næringsstoffer og produserer ryggmargsvæske. De besitter fint lukt, hørsel og elektroresepsjon, lærer ved assosiasjon, og har begrenset langtidsminne.