Flyvende fisk står overfor mange rovdyre både i luften og i vannet:
- Fugler: Måker og fregatfugler spiser flyvende fisk som hopper ut av vannet.
- Delfiner og marsvin: Disse pattedyrene jakter flyvende fisk nær overflaten.
- Makrell og sværdsfisk: Rovfisk som spiser flyvende fisk langs havoverflaten.
- Haier: Makohajer og blåhaier er kjent for å rovle flyvende fisk.
- Marliner: Rask svømmere som bruker sine lange snabler til å slå og fange flyvende fisk.
- Andre større fisk: Noen makreller og stær kan av og til spise flyvende fisk.
- Blækspruter: Noen blæksprutearter bruker tentakler til å fange flyvende fisk.
Ulike flyvende fiskarter kan ha ulike rovdyre basert på deres spesifikke habitater og utbredelse.