Kostholdet deres består først og fremst av:
* Plankton: Dette inkluderer bittesmå organismer som copepoder, krill og planteplankton.
* Liten fisk: Disse kan omfatte sardiner, ansjos og annen skolefisk.
* Squid: Noen arter av blekksprut er også små nok til å bli konsumert av hvalhaier.
Whale Sharks enorme munn og Gill Rakers (benete strukturer i gjellene) jobber sammen for å felle disse organismer. Hvalhaien svømmer med munnen åpen, og filtrerer store mengder vann gjennom gjellene. Gill Rakers sil deretter ut maten, mens vannet går gjennom.
Så mens hvalhaier ikke har spesifikke byttedyr, er kostholdet sammensatt av en rekke små organismer de filtrerer fra havet.