Blågrønn alge, kalt cyanobakterier, er bakterier som fotosyntetiserer. Cyanobakterier gir akvariet et skitent utseende og kvaler akvarieplanteliv. Blågrønn alge slipper også toksiner som påvirker fisk negativt. Selv om blågrønn alge typisk forekommer i nylig etablert systemer, kan det dukke opp i modne akvarier som er dårlig ledet. Skitne filtre og stykker av uspent mat tillater blågrønn alge å bli lett etablert.
Fysisk utroting
Blågrønn alge bør i starten fjernes fysisk med hånd. Blågrønn alge danner tykke måtter på akvariumsubstratet, steiner og dekor. Steinene og dekoren kan lett fjernes og rengjøres. En hard borste vil fjerne cyanobakterier fra disse gjenstandene, som deretter bør skyles under rinnende vann før de returneres til akvariet. Blågrønn alge kan også dekke filterrør og power heads, og disse gjenstandene kan vanligvis også fjernes for rengjøring. Blågrønn alge er typisk motstandsdyktig mot utroting, og akvaristen vil måtte gjenta rengjøringsprosessen mer enn én gang.
Vannskifter og suging
Blågrønn alge måtter som dekker substratet kan også suges ut av akvariet. Prosessen med suging fjerner store mengder av cyanobakterier og har den ekstra fordelen av at akvaristen kan erstatte gammelt vann, som har en høy organisk belastning, med fersk vann. Vann vil suges ut av akvariet sammen med måttene av blågrønn alge, og på denne måten blir metabolisk avfallsmateriale i akvariumvannet fortyndet. Det kan være nødvendig å gjenta denne prosessen hver to til tre dag inntil cyanobakteriene er utrøttet.
Økt filtrering og lufting
Cyanobakterier vokser best i miljøer som er dårlig luftet og hvor sirkulasjon er lav. Akvarister bør rengjøre filterne og pumpe sine og sikre at dette utstyret fungerer optimalt. Ekstra luftsteinar kan legges til i akvariet for å øke luftingen, og akvarister må strebe etter å oppnå nært-metningsnivåer av oksygen i vannet. Avrøringsdysene til power heads og andre filtre må rettes mot hjørnene i akvariet for å eliminere potensielle stående områder. I tilfeller der blågrønn alge er særlig motstandsdyktig mot kontroll, kan et andre filter måtte inkorporeres på akvariet.
Begrens bestand og mat
Blågrønn alge trives i et miljø med høye næringsstoffer. Fisk slipper metabolisk avfall ut i akvariet på en løpende basis. Dette avfallet består av avføring og urin og oppfordrer til forhøyd nivå av både fosfater og nitrater i akvariet. Jo flere fisk et akvarium inneholder, desto høyere vil metabolisk belastning være. Overbefolkede akvarier er typisk også overmattede på grunn av det store antallet enkelte fisk. Uspent mat finnes ofte i disse akvariene, og blågrønn alge trives under disse forholdene.