Uansett hvilke forholdsregler du tar, har den samme typen skadedyr som dukker opp i fiskedammer en tendens til å finne veien til fisktanken din. Noen skadedyr vil fly inn i tanken eller klare å krype inn. Tankelus har en tendens til å dukke opp hvis du overføder fiskene. Noen tankelus vil ikke skade fiskene. Andre, som flatorm, er rovdyr. De vil spise fiskeegg og eventuelle små fisk de kan fange. En overflod av tankelus er vanligvis et tegn på at tanken ikke holdes ren.
Planarier
Kalt flatorm på grunn av utseendet, spiser planarianer andre levende eller døde ryggradsløse dyr, samt råtende organisk materiale i tanken. De vil imidlertid ikke spise eller skade fiskene dine. Planarier kan være hvite, grå, brune eller svarte. Disse ormene har en regenererings evne; hvis en del av disse ormene blir skåret av, vokser den tilbake.
Nematoder
Nematoder er en annen type orm som kan finnes i en fisktank. Disse ormene er tynne, lange, og de beveger seg ved å vriste frem og tilbake. I motsetning til planarier, er disse ormene runde. De vil ikke skade fiskene; de er ofte en fødekilde for dem.
Krepsdyr
Copepoder, frøreker, hvite lus og daphnia, også kjent som vannlopper, er typene krepsdyr som kan trives inni en fisktank. Hvite lus og daphnia ser nesten ut som sjøhester, bortsett fra at buken deres er mye større. En type copepod er cyklopene, ofte solgt som fiskefôr. Cyklopene er så kalt fordi de bare har ett øye, men dette er typisk for alle copepoder, som ser ut som små skadedyr som er mindre enn 2 sentimeter lange. Frørekene ser ut som små muslinger, men de har også bare ett øye. Syv små bein finnes under det flate skallet som dekker hodet og brystet deres. Disse krepsdyrene spiser alger, bakterier og mikroorganismer. Hvite lus vil imidlertid bite og drikke blod fra fiskene.
Bløtdyr
Bløtdyr, eller sneglere, finnes ofte i fisktanker. Disse sneglene kan være veldig små eller større. En type snegl som ofte finnes i en fisktank er tannskjell. Tannskjell er snegler som vanligvis har én fot og en stor, konisk skal. De kan bli så store som 5 sentimeter i diameter.
Insektlarver
Mygg, guldsmeder og kjærmes har ofte larver som vokser i en fisktank. En annen type insektlarver du vil finne i en tank er blodorm. De er larver av midgetfluen. Blodormen er mat for mange fisk og reptiler.
Vannskorpioner
Vannskorpionen er en tankelus som kan fly inn og ut av en tank. Hvis du holder vannskorpioner i tanken, plass et maske dekke over toppen for å hindre dem i å fly ut. Vannskorpioner lever av insektlarver. Disse skadedyrene kan stikke, så vær forsiktig når du håndterer dem.