Stjørdalstørr anses som truet av flere sammenhengende grunner:
- Overfiske: Tungt fiske på 1800- og tidlig 1900-tallet, drevet av etterspørsel etter kaviar og kjøtt, forårsaket skarpe bestandsnedgang.
- Livraumtap og fragmentering: Dammer, dredging og forurensing har degraderet eller blokkert tilgang til de rene, dype vannene og gyteområdene stjørdalstørr krever.
- Trem vekst og sen modenhet: Stjørdalstørr kan ta opptil 20 år å nå seksuell modenhet, noe som betyr at utarmede bestander gjenoppretter seg svært sakte.
- Forurensing og vannkvalitetsforringelse: Industrielt, landbruksmessig og urbanisert forurensing skader stjørdalstørr direkte og indirekte ved å påvirke matkilder og livraum.
- Ulovlig fiske: Til tross for beskyttelsesregler, fortsetter vildejakt og ulovlig høsting å true gjenoppretting.
- Konkurranse med fremmede arter: Fremmede fisk som havneape og rundegjøl konkurrerer med størr om mat og livraum.
Vernearbeid, beskyttelsesreguleringer og livraumsrestaurering er essensielle for å beskytte og gjenopprette stjørdalstørr-bestander.