Forurensning: Forurensning, inkludert oljesøl, utslipp fra kloakk, overvann og landbruksavrenning, kan kvele korallrev, blokkere sollys og forhindre vekst av koraller. Kjemikalier kan forgifte livet i havet, og kan ha en negativ innvirkning på veksten av koraller og fiskens reproduksjonssuksess. Avrenning fra gjødsel og plantevernmidler som brukes i landbruket kan føre til algeoppblomstring som kveler korallrevene og ubalanserer økosystemet i næringskjeden.
Klimaendringer: Økende havtemperaturer på grunn av global oppvarming kan bleke og drepe koraller, og ekstreme værhendelser, som orkaner og tyfoner, kan ødelegge korallrev. Forsuring, som er senking av pH-nivået i havet på grunn av absorpsjon av karbondioksid, er også en trussel mot korallrevene. Havforsuring gjør det vanskelig for koraller å bygge og vedlikeholde skjelettene sine, noe som kan føre til kollaps av korallrev.
Overfiske kan forstyrre næringskjeden og redusere antallet rovdyr som kontrollerer populasjonen av planteetere. Dette kan føre til en økning i antall planteetere, som kan skade revet ved å beite på koraller. Overfiske kan også føre til direkte fangst av froskefisk som matkilde.
Bifangst: Froskefisk kan fanges utilsiktet i fiskegarn og trålere, noe som kan føre til døden.
Turisme: Ukontrollert turisme kan føre til tråkking av korallrev og ødeleggelse av froskefiskhabitat. Dykkere og snorklere kan også kaste anker på korallrev, noe som kan skade dem.