Keiserpingviner trekker ikke i tradisjonell forstand, men de utfører en imponerende årlig reise kalt «det lange marsjet» til sine hekkeplasser. Under den antarktiske vinteren går de innover over havisen til skjulte kystområder eller bukter.
Etter parring og paring legger hunnen ett egg, som hannen ruger på sine føtter mens de klyver sammen med andre for varme. Etter ca. 65 dager klekker ungen. Foreldrene tar tur om å mate turer til havet, og ved slutten av sommeren er ungene flygedyktige og kolonien vender tilbake til havet.