Utryddelse av gavialkrokodiller ville utløse flere økologiske effekter i livsmiljøene de okkuperer:
Fiskebestandsendringer: Som toppredatorer spiser gavialer fisk, spesielt usunne eller gamle individer, og bidrar til å opprettholde sunde fiskebestander. Uten dem kunne fiskepopulasjonsdynamikken endres.
Innvirkning på aasetere: Gavialkadaverer matar ravner og andre aasetere. Deres fravær ville forstyrre næringsstoffsykluser og påvirke aaseterpopulasjoner.
Endrede våtmarkslivsmiljøer: Gavialhull og reirplasser gir fysisk kompleksitet til våtmarker, gir skjul og hekkeplasser for andre arter.
Tap av biologisk mangfold: Tap av en unik art reduserer genetisk variasjon og gjør økosystemer mer sårbare for endringer og sykdommer.
Økologiske ubalanser: Fjerning av en toppredator forstyrrer artsinteraksjoner, potensielt forårsaker bytteeksplosjoner eller økt konkurranse blant andre rovdyter.
Kulturelle og økonomiske effekter: Lokale samfunn som avhenger av gavialer for turisme eller tradisjonelle praksiser kunne lide kulturelle og økonomiske tap.
Vern er essensielt for å bevare disse gamle rovdytene og opprettholde våtmarksøkosystemstabilitet.