1. Habitat -tap: Utviklingen av kystområder, urbanisering og utvidelse av menneskelige aktiviteter har raskt redusert og fragmentert de naturlige naturtypene til Middelhavet munkesel. Disse selene krever uforstyrrede kystområder med huler og steinete bredder for avl og hvile, noe som har blitt hardt påvirket av menneskelige aktiviteter.
2. jakt og direkte drap: Middelhavet munkes sel har historisk sett blitt jaget etter pelsen, spekkene og kjøttet, noe som fører til en alvorlig befolkningsnedgang. Selv om jakt nå er ulovlig i de fleste land, forekommer det fortsatt ulovlige drap, spesielt i avsidesliggende områder.
3. bifangst: Tilfeldig fangst i fiskeutstyr, kjent som bifangst, er en betydelig trussel mot Middelhavet Monk Seals. Disse selene kan bli viklet inn i fiskegarn, feller og linjer, noe som resulterer i skade eller død. Bifangst er spesielt vanlig i områder med uregulerte eller dårlig administrerte fiskerier.
4. Forurensning: Middelhavet er sterkt forurenset på grunn av industrielt avfall, avløpsutslipp og oljesøl. Forurensninger som tungmetaller, kjemikalier og plast kan skade middelhavsmunkenes seler direkte ved å forårsake helseproblemer eller indirekte ved å påvirke deres habitat og byttedyr.
5. Klimaendringer: Det skiftende klimaet bidrar også til tilbakegangen av Middelhavets munkesel. Stigende havnivå og skiftende værmønstre påvirker selenes naturtyper, mens økende vanntemperaturer kan forstyrre avlssyklusene og påvirke byttesartene.
6. Mangel på genetisk mangfold: Middelhavets munkforsegling er liten og fragmentert, noe som fører til mangel på genetisk mangfold. Dette gjør arten mindre motstandsdyktige mot miljøendringer, sykdommer og andre trusler, og øker deres sårbarhet for utryddelse.
Det arbeides for å beskytte Middelhavets munkesel gjennom bevaringstiltak, for eksempel etablering av marine beskyttede områder, forskrifter om fiskepraksis og offentlige bevissthetskampanjer. På grunn av de forskjellige faktorene som bidrar til deres fare, er det imidlertid fortsatt en betydelig utfordring.