Quokka står overfor flere trusler som har bidratt til deres truede status:
Rovjakt av innførte arter: Katter og rever, som ikke er heimiske på Rottnest-øya, jakter og rovjaktes på quokka.
Habitattap og fragmentering: Jordriving for landbruk, utvikling og gruvedrift ødelegger og deler quokka-habitat, begrenser bevegelse og tilgang til mat og vern.
Sykdom: Quokka er sårbare for sykdommer og parasitter, inkludert flåttburn viruser og respirasjonsinfeksjoner.
Menneske-dyr-interaksjoner: Mating av quokka menneskemat kan forårsake helseproblemer og endre naturleg atferd.
Begrenset genetisk mangfold: Lavt genetisk mangfold på Rottnest-øya gjør quokka mer utsatt for sykdom og miljøendringer.
Klimaendringer: Stigende havnivå og skiftende nedbørsmønstre kan ytterligere true habitatet og overlevelsen deres.