Tyskland er hjem til flere sjeldene dyr tross sin tette befolknings tetthet:
Pattedyr
* Europæisk visent: Reintroduksjon i områder som Eifel nasjonalpark.
* Grå ulv: Returnerer til østlige Tyskland, spesielt Lausitz.
* Gaupe: Gjenoppretting i Bavarske Alper og skogområder.
* Bever: Rekoloniserer elver som Rhinen.
* Villkatt: Funnet i Bavarsk skog og Schwabiske Alb.
Fugler
* Havørn: Gjenoppretting i Østersjøregionen.
* Svart stork: Funnet i uforstyrrede skoger og våtmarker.
* Kongeørn: Sjeldent, funnet i Bavarske Alper og Harz-fjell.
* Havørn (sjøørn): Funnet langs kystområder.
* Tjurpe: Funnet i Bavarske Alper og Harz-fjell.
Reptiler og amfibier
* Europæisk damsjeldpadde: Funnet i isolerte dammer og innsjøer.
* Salamander: Vanlig i fuktige skoger.
* Glad slange: Funnet i enger og marker.
Fisk
* Huchen: En stor Dunube-ørret.
* Europæisk ål: Kritisk truet, vandre til Sargassohavet for å gyte.
Insekter
* Sjelden svale-hale sommerfugl: Begrenset til spesifikke habitater.
* Hjortbille: En beskyttet art.
Andre
* Gigant ferskvannsmusling: Funnet i elver og bekk.
Tyskland har nasjonalparker, beskyttede områder og reintroduksjonsprogrammer for å hjelpe disse artane med å gjenopprette seg.