De hovedsakelige truslene mot chilensk flamingo inkluderer:
- Habitatttap: Menneskelig aktivitet som gruvedrift, jordbruk og urban utvikling truer deres livsmiljø.
- Jakt: De jaktes for kjøtt, fjær og egg.
- Forurensning: Forurensning fra gruvedrift, jordbruk og menneskelig avfall setter dem i fare.
- Klimaendringer: Et varmere klima endrer deres habitat, gjør det mindre egnet for overlevelse.
Den chilenske flamingoen er en sårbar art med nedgående bestand. Uten innsats kan den utsettes for utryddelse i fremtiden.