En puster gjennom spesialiserte respirasjonsorganer kalt giller, lokalisert på sidene av hodet bak øynene. Giller består av tynne filamenter dekket av små blodkärler. Når guppy tar vann inn gjennom munnen, passerer vannet over gillene, der oksygen tas opp i blodet og karbondioksid utlekkes til vannet. Gillilokket (operkulum), et benlagt lokk over gillene, åpnes og lukkes for å pumpe vann inn og ut.