De hovedsakelige fiendene til pingviner er:
Andre dyr
Leopardseler, spekkhogger, pelseler, og haier er noen av de naturlige rovdyrene til pingviner. Disse dyrene rov Pingviner i vannet, hvor pingviner er mindre smidige og sårbare for angrep.
Menneskelige aktiviteter
Menneskelige aktiviteter som overfiske, forurensning, og klimaendringer kan også skade pingviner og deres habitater. Overfiske reduserer mattilgjengeligheten for pingviner, mens forurensning og klimaendringer kan ødelegge deres hekkegrunn og forstyrre deres matnettverk.
Habitatforstyrrelse
Ødeleggelse av pingvinhabitater på grunn av menneskelige aktiviteter som urbanisering, gruvedrift, og turisme kan også ha en negativ innvirkning på pingvinbestander.