De hovedsakelige bestandstruslene mot antarktisk krill er:
- Klimaendringer: Opvarmende havtemperaturer og endringer i havisdekke påvirker krill-bestander negativt, fører til forskyvning i utbredelse og bestandskraft.
- Havforsuring: Økende syregrad pga. oppløst CO2 kan forringe krills evne til å danne kalsiumkarbonat-skall, påvirke vekst og overlevelse.
- Overfiske: Krill høstes i stor skala til fiskefôr, fiskeolje og andre produkter, med risiko for overutnyttelse, spesielt i visse områder.
- Bifangst: Krill kan uavsiktlig fanges som bifangst i fiskeri som retter seg mot andre arter, medfører ekstra dødelighet.
- Forurensning: Forurensninger som plast, kjemikalier og tungmetaller kan påvirke krill direkte og indirekte gjennom næringsskjeden, potensielt påvirke helse og reproduksjon.
- Habitattap: Menneskelige aktiviteter som kystutvikling og turisme kan forandre eller ødelegge krill-habitater, som iskant-miljøet.
Bevaringstiltak, som bærekraftige fiskepraksis, marine verneområder og forurensningsreguleringer, er essensielle for å mildre disse truslene og bevare antarktiske krill-bestander og økosystemene de støtter.